武昌起义爆发，倪嗣冲率兵驻皖北，1913年正式督皖。百废待兴，事务庞杂，不仅省内的清乡剿匪、民刑各事、经济建设需要处理，国内政局变动也常耗费倪嗣冲不少精力。倪幼丹参与其间，协助父亲处理安徽政务，特别是为安武军筹备粮饷，并奉父命拜谒张勋、李纯、冯国璋、徐世昌等人，与他们沟通信息、联络感情，处理一些特别事务或私谊活动。

倪嗣冲督皖后期，因身体状况日况愈下，倪幼丹服侍左右，替父代行一些事务。由于他本人忠诚稳重、踏实进取，极易受到一些要人器重，一度被选任为国务院铨叙局主事、参议院议员。1920年9月倪嗣冲辞去本兼各职，有人主张，安徽陆军总指挥一职应由倪幼丹担任，不过他坚辞不受。作为20多岁的倪幼丹能够协助父亲担此大任，勇于任事，倪嗣冲比较快慰，“维时道杰方佐公治皖，学识弥益宏邃，公亦喜继志之有人，每于酒半掀髯称快。”